Desenvolvimento e mapeamento de microssatélites gênicos (EST-SSRs) de camu-camu (Myrciaria dubia [H.B.K.] McVaugh)

Publicado
2008-07-06
Sección
Genética vegetal y biodiversidad
  • Salvador Rojas G. CORPOICA
  • Doriani Rodrigues Universidad Federal de Amazonas, Manaus (Brasil).
  • Marcicleide Lima Universidad Federal de Amazonas, Manaus (Brasil).
  • Spartaco Astolfi Fhilo Universidad Federal de Amazonas, Manaus (Brasil).

Resumen

Descrevemos o desenvolvimento marcadores de nucleotídeos repetidos em tandem de seqüências expressas (EST-SSRs) o microssatélites gênicos de camu-camu, a qual é uma pequena fruta nativa da Amazônia que cotem o mais alto conteúdo de vitamina C natural de qualquer fruteira conhecida no mundo. Dois mil seqüências da biblioteca de ESTs de camu-camu foram analisadas e 219 EST-SSRs para o desenvolvimento de marcadores moleculares foram identificadas e analisadas. Dos 219 EST-SSRs 74,2% foram perfeitos simples e 22,7% perfeitos interrompidos. Os EST-SSRs foram 13% trinucleotídeos e 87% dinucleotídeos; os dinucleotídeos mais freqüentes foram GA, CT, AG e TC motivos comuns em outras dicotiledôneas. Os marcadores obtidos foram usados para identificar seu poder de amplificação para detectar polimorfismos e testar a transferibilidade com quatro espécies da família Mirtaceae; além disso, foram comparados com seqüências de proteínas de outras espécies depositadas nas bases de dados do National Center for Biotechnology Information NCBI. Dos EST-SSRs, 20,8% tiveram boas características para o desenho de “primers”, deste grupo 15 “primers” foram sintetizados, oito apresentaram polimorfismo para o camu-camu detectando em 139 acessos de camu-camu entre 7 e 21 alelos/loci, alem disso, seis de estes EST-SSRs amplificaram em quatro espécies mirtáceas. As seqüências dos oito EST-SSRs tiveram alguma relação com proteínas conhecidas, cinco apresentaram valores entre <1E-51 e <1E-109. Esta metodologia de obtenção de EST-SSRs de camu-camu a partir de informações de bases de dados públicas ou bibliotecas disponíveis, pode ser aplicada a baixo custo em outras espécies para estudos de diversidade, transferibilidade e nos estudos de similaridade com proteínas conhecidas. 

 

 

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Biografía del autor

Salvador Rojas G., CORPOICA

Investigador Principal, Centro de Investigación La Libertad, Villavicencio (Meta).

Doriani Rodrigues, Universidad Federal de Amazonas, Manaus (Brasil).
Profesora, Facultad de Ciencias.
Marcicleide Lima, Universidad Federal de Amazonas, Manaus (Brasil).
Profesora, Facultad de Ciencias.
Spartaco Astolfi Fhilo, Universidad Federal de Amazonas, Manaus (Brasil).

Profesor, Coordinador Programa de Postgraduacion em Biotecnologia.